Publications

Journals

• 2013
  • M. Reboiro-Jato; R. Laza; H. López-Fernández; D. Glez-Peña; F. Díaz; F. Fdez-Riverola (2013) genEnsemble: a new model for the combination of classifiers and integration of biological knowledge applied to genomic data. Expert Systems With Applications. Volume 40/1, pp. 52-63. ISSN: 0957-4174
  • J.A. Castellanos-Garzón; C.A. García; P. Novais; F. Díaz (2013) A visual analytics framework for cluster analysis of DNA microarray data. Expert Systems with Applications. Volume 40/2, pp. 758-774. ISSN: 0957-4174
  • J.A. Castellanos-Garzón; F. Díaz (2013) An evolutionary computational model applied to cluster analysis of DNA microarray data. Expert Systems with Applications. Volume 40/7, pp. 2575-2591. ISSN: 0957-4174
• 2012
  • V. Pachón; J. Mata (2012) An Evolutionary Algorithm to Discover Quantitative Association Rules from Huge Databases without the need for an a Priori Discretization. Expert Systems With Applications. Volume 39(1): 585-593
  • N.P. Cruz; M.J. Maña; J. Mata; V. Pachón (2012) A Machine Learning Approach to Negation and Speculation Detection in Clinical Texts. Journal of the American Society for Information Science and Technology (JASIST), vol. 63, nº 7, pp. 1398-1410
  • M. Reboiro-Jato; D. Glez-Peña; F. Díaz; F. Fdez-Riverola (2012) A novel ensemble approach for multicategory classification of DNA microarray data using biological relevant gene sets. International Journal of Data Mining and Bioinformatics. Volume 6(6): 602-616
  • F. Fdez-Riverola; D. Glez-Peña; H. López-Fernández; M. Reboiro-Jato; J.R. Méndez (2012) A Java application framework for scientific software development. Software: Practice & Experience. Volume 42/8, pp. 1015-1036. ISSN: 0038-0644
  • D. Calvo-Dmgz; J.F. Gálvez; D. Glez-Peña; S. Gómez-Meire; F. Fdez-Riverola (2012) Using variable precision rough set for selection and classification of biological knowledge integrated in DNA gene expression. Journal of Integrative Bioinformatics. Volume 9/3:199. ISSN: 1613-4516
  • D. Reboiro-Jato; M. Reboiro-Jato; F. Fdez-Riverola; C.P. Vieira; N.A. Fonseca; J. Vieira (2012) ADOPS – Automatic detection of positively selected sites. Journal of Integrative Bioinformatics. Volume 9/3:200. ISSN: 1613-4516
  • R. Romero; E.L. Iglesias; L.; Borrajo (2012) Applying Balancing Techniques to Classify Biomedical Documents: An Empirical Study. International Journal of Artificial Intelligence. Volume 8/S12, pp. 186-201. ISSN: 0974-0635
  • M. Crespo; J. Mata; M. J. Maña (2012) Improving image retrieval effectiveness via query expansion using MeSH hierarchical structure. Journal of the American Medical Informatics Association (JAMIA).
• 2011
  • D. Glez-Peña; G. Gómez-López; M. Reboiro-Jato; F. Fdez-Riverola; D.G. Pisano (2011) PileLine: a toolbox to handle genome position information in next-generation sequencing studies. BMC Bioinformatics. 12:31. ISSN: 1471-2105
  • D. Glez-Peña; J. Glez-Dopazo; F. Fdez-Riverola (2011) An integrative software architecture for exchanging heterogeneous data between local unrelated bioinformatics applications. International Journal of Intelligent Computing and Cybernetics. Accepted for Publication. ISSN: 1756-378X
  • M. Reboiro-Jato; D. Glez-Peña; F. Fdez-Riverola; F. Díaz (2011) A simulated annealing-based algorithm for iterative class discovery using fuzzy logic for informative gene selection. Journal of Integrated OMICS, a methodological journal. Volume 1/1, pp. 66-77. ISSN: 2182-0287
  • H. López-Fernández; D. Glez-Peña; M. Reboiro-Jato; G. Gómez-López; D.G. Pisano; F. Fdez-Riverola (2011) PileLineGUI: a desktop environment for handling genome position files in next-generation sequencing studies. Nucleic Acids Research (Web Server issue). W1-W5. ISSN: 0305-1048
  • D. Glez-Peña; H. López-Fernández; M. Reboiro-Jato; J.R. Méndez; F. Fdez-Riverola (2011) A Java application framework for scientific software development. Software: Practice & Experience. Accepted for Publication. ISSN: 0038-0644
  • H. López-Fernández; M. Reboiro-Jato; D. Glez-Peña; J.R. Méndez-Reboredo; H.M. Santos; R.J. Carreira; J.L. Capelo; F. Fdez-Riverola (2011) Rapid development of proteomic applications with the AIBench framework. Journal of Integrative Bioinformatics. Volume 8(3):171
  • R. Laza; R. Pavón; M. Reboiro-Jato; F. Fdez-Riverola (2011) Evaluating the effect of unbalanced data in biomedical document classification. Journal of Integrative Bioinformatics. Volume 8(3):177
  • L. Borrajo; R. Romero; E. L. Iglesias; C.M. Redondo Marey (2011) Improving imbalanced scientific text classification using sampling strategies and dictionaries. Journal of Integrative Bioinformatics. Volume 8(3):176
  • F. Aparicio; M. de Buenaga, M. Rubio, A. Hernando (2011) An Intelligent Information Access system assisting a Case Based Learning methodology evaluated in higher education with medical students. Computers & Education. Volume 58(4):1282-1295
  • M. Cruz Gaya, I. Giraldez (2011) Merging local patterns using an evolutionary approach. Knowledge and Information Systems. Volume 29(1): 1-24
  • F. Aparicio; M. Buenaga; M. Rubio; M.A. Hernando; D. Gachet; E. Puertas; I. Giráldez (2011) TMT: Una herramienta para guiar a los usuarios en la búsqueda de información sobre textos clínicos. Revista de la Sociedad Española para el Procesamiento del Lenguaje Natural. Volume 46:27-34
• 2010
  • D. Glez-Peña; M. Reboiro-Jato; R. Domínguez; G. Gómez-López; D.G. Pisano; F. Fdez-Riverola (2010) PathJam: a new service for integrating biological pathway information. Journal of Integrative Bioinformatics. Volume 7/1:147. ISSN: 1613-4516
  • M.A. Vélez; O. Sánchez; S. Romero; J.M. Andújar (2010) A new methodology to improve interpretability in neuro-fuzzy TSK models. Applied Soft Computing Journal. Volume 10/2, pp. 578 – 591
  • Gaya, M., y J. Giráldez (2010) Merging local patterns using an evolutionary approach. Knowledge and Information Systems  (September):1-24-24

Conferences

• 2012
  • J. L. Domínguez-Olmedo; J. Mata; V. Pachón; M. J. Maña (2012) Rule extraction from medical data without discretization of numerical attributes. International Conference on Health Informatics (HEALTHINF 2012). Vilamoura, Portugal. February.
  • H. López-Fernández; F. Aparicio; D. Glez-Peña; M.J. Maña López; M. Buenaga; F. Fdez-Riverola; M. Reboiro-Jato (2012) BioAnote: sistema de anotación de textos médicos mediante ontologías orientado a la formación en medicina. Jornadas de Investigación Biomédica. Ourense, España. 14 – marzo
  • M. Villa; F. Aparicio; M. Maña; M. Buenaga (2012) A tool to support learning with clinical cases based on Concept Maps and Medical Entity Recognition. International Conference on Intelligent User Interfaces (IUI 2012), Lisboa, Portugal. 14-17 Febrero
  • J.L. Domínguez; J. Mata; V. Pachón; M.J. Maña (2012) Rule Extraction from Medical Data without Discretization of Numerical Attributes. International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies (HealthInf), Vilamoura (Portugal), 1 -4 febrero
  • M. de la Villa; F. Aparicio; M.J. Maña; M. de Buenaga (2012) A Learning Support Tool with Clinical Cases Based on Concept Maps and Medical Entity Recognition. International Conference on Intelligent User Interfaces (IUI), Lisboa (Portugal), 14-17 febrero
  • N. Konstantinova; S.C.M. de Sousa; N.P. Cruz; M.J. Maña; M. Taboada; R. Mitkov (2012) A review corpus annotated for negation, speculation and their scope. 8th International Conference on Language Resources and Evaluation (LREC),  Estambul (Turquía), 21-27 mayo
  • D. Reboiro-Jato; M. Reboiro-Jato; F. Fdez-Riverola; N. Fonseca; J. Vieira (2012) On the development of a pipeline for the automatic detection of positively selected sites. 6th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics: PACBB 2012. Salamanca, Spain. 28 – marzo, comunicación oral (DOI: 10.1007/978-3-642-28839-5_26)
  • H. López-Fernández; D. Glez-Peña; M. Reboiro-Jato; G. Gómez-López; D.G. Pisano; F. Fdez-Riverola (2012) Applying AIBench framework to develop rich user interfaces in NGS studies. 6th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics: PACBB 2012. Salamanca, Spain. 28 – marzo, comunicación oral (DOI: 10.1007/978-3-642-28839-5_22)
  • R. Romero; E.L. Iglesias; L.; Borrajo (2012) A Comparative Analysis of Balancing Techniques and Attribute Reduction Algorithms. 6th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics: PACBB 2012. Salamanca, Spain. 28 – marzo, comunicación oral
  • A.R. Rivas; L. Borrajo; E.L. Iglesias; R. Romero (2012) Applying Lemur Query Expansion Techniques in Biomedical Information Retrieval. 9th International Symposium on Distributed Computing and Artificial Intelligence: DCAI 2012. Salamanca, Spain. 28 – marzo, comunicación oral.
  • B. Uriel; H.J. Gómez-Vallejo; R. Vázquez González; J. Ferreño-Mosquera; F. Fdez-Riverola; R. Domínguez; M. Sande; D. Glez-Peña (2012) Sistema inteligente para la detección y clasificación de casos de infección nosocomial. Jornadas de Investigación Biomédica. Ourense, España. 14 – marzo
  • M. Crespo; J. Mata; M. J. Maña (2012). LABERINTO at ImageCLEF 2012 Medical Image Retrieval Task. Conference on Multilingual and Multimodal Information Access Evaluation – Image CLEF Medical Retrieval. Roma (Italia), septiembre 2012.
  • M. A. Vélez-Vélez; A. J. Barragán-Piña; M.A. Martínez-Bohorquez; J.M. Andújar-Márquez (2012). Mejoras en la interpretabilidad de modelos borrosos TS. VIII Simposio de Control Inteligente. Baiona (Pontevedra), junio 2012.
• 2011
  • F. Aparicio, M. Buenaga, D. Gachet, E. Puertas, I. Giráldez (2011) TMT: A scalable platform to enrich translational medicine environments. Proceedings of the IADIS International conference, e-Society. En proceso.
  • V. Pachón, J. Mata, J.L. Domínguez, M.J. Maña (2011). A Multi-Objective Evolutionary Approach for Subgroup Discovery. 6th International Conference on Hybrid Artificial Intelligence Systems (HAIS), Wroclaw (Polonia), mayo.
  • Juan L. Domínguez-Olmedo, Jacinto Mata, Victoria Pachón, Manuel J. Maña (2011) A Deterministic Approach to Association Rule Mining without Attribute Discretization. International Conference on Digital Information Processing and Communications (ICDIPC 2011). Ostrava, Czech Republic (Julio 2011).
  • R. Pavón; R. Laza, M. Reboiro-Jato; F. Fdez-Riverola (2011) Assessing the impact of class-imbalanced data for classifying relevant/irrelevant Medline documents. 5th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics: PACBB 2011. Salamanca, Spain. 06 – abril
  • R. Laza; R. Pavón; M. Reboiro-Jato; F. Fdez-Riverola (2011) Assessing the suitability of MeSH ontology for classifying Medline documents. 5th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics: PACBB 2011. Salamanca, Spain. 06 – abril
  • M. Reboiro-Jato; D. Glez-Peña; J.R. Méndez-Reboredo; H.M. Santos; R.J. Carreira; J.L. Capelo; F. Fdez-Riverola (2011) Building proteomics applications with the AIBench application framework. 5th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics: PACBB 2011. Salamanca, Spain. 06 – abril
  • D. Glez-Peña; O. Graña; F. Fdez-Riverola; D.G. Pisano (2011) Building a GATK-based tool for methylation analysis in next-generation bisulfite sequencing experiments. 5th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics: PACBB 2011. Salamanca, Spain. 06 – abril
  • D. Glez-Peña; M. Reboiro-Jato; F. Fdez-Riverola; D.G. Pisano; G. Gómez-López (2011) An intuitive workflow to retrieve somatic mutations in next generation sequencing studies. 5th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics: PACBB 2011. Salamanca, Spain. 06 – abril
  • R. Romero; E. L. Iglesias; L. Borrajo; C. M. Redondo Marey (2011) Using Dictionaries for Biomedical Text Classification. 5th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics: PACBB 2011. Salamanca, Spain. 06 – abril
  • R. Romero; E.L. Iglesias; L. Borrajo (2011) Building biomedical text classifiers under sample selection bias. International Symposium on Distributed Computing and Artificial Intelligence: DECAI 2011. Salamanca, Spain. 06 – abril
  • H. López-Fernández; F. Aparicio; D. Glez-Peña; M. Buenaga; F. Fdez-Riverola (2011) Herramienta biomédica de anotación y acceso inteligente a información. III Jornada Gallega de Bioinformática. Vigo, España. 16 – septiembre
  • B. Uriel; F. Fdez-Riverola; R- Domínguez; M. Sande; D. Glez-Peña (2011) Sistema automático para la detección y clasificación de casos de infección nosocomial. IV Jornadas de Investigación Biomédica de Vigo. Vigo, España. 24 – mayo
  • D. Gachet; F. Aparicio; M. Buenaga; V. Padrón; M. Alambari (2011) Personalized Health Care System with Virtual Reality Rehabilitation and Appropiate Information for Seniors. 5th International Symposium on Ubiquitous Computing & Ambient Intelligence: UCAmI. Riviera Maya, Mexico. 5-9 December.
  • D. Gachet Páez; F. Aparicio; M. de Buenaga; V. Padrón; M. Alambari (2011) Personalized Health Care and Information Services for Elders. WISHWell’11: Workshop on Intelligent Environments Supporting Healthcare and Well-being – 7th International Conference on Intelligent Environments. Nottingham, United Kingdom, 25-28 Julio
  • M. de Buenaga; F. Aparicio; M. Rubio; A. Hernando (2011) Una metodología para la integración de aprendizaje basado en conceptos sobre casos clínicos mediante sistemas inteligentes de acceso a información en Internet. VIII Jornadas Internacionales de Innovación Universitaria, Villaviciosa de Odón, España, 11-12 de Julio
  • R. Muñoz-Gil; F. Aparicio; M. Buenaga; D. Gachet; E. Puertas; I. Giráldez; M.C. Gaya (2011) Tourist Face: A Contents System Based on Concepts of Freebase for Access to the Cultural-Tourist Information. 16th International Conference on Applications of Natural Language to Information Systems – NLDB 2011. Alicante, España, 28-30 de Junio de 2011
  • D. Gachet; J. Ascanio; I. Giráldez; M. Rubio (2011) Integrating Personalized health care and information access for elder people 2th International Symposium on Ambient Intelligence. ISAmI 2011. Salamanca, España. 6 – abril. Book series. Advances in Intelligent and Soft Computing, Volume 92(2011): 33-40. Springer Verlag.
  • F. Aparicio; M. Buenaga; D. Gachet; E. Puertas; I. Giráldez. (2011)  TMT: A scalable platform to enrich translational medicine environments. International Association for the Development of the Information Society (IADIS) International Conference on e-Society. Avila, España, 10-13 de Marzo
  • M. de la Villa; S. García;  M.J. Maña (2011) ¿De verdad sabes lo que quieres buscar? Expansión guiada visualmente de la cadena de búsqueda usando ontologías y grafos de conceptos. XXVII Congreso de la Sociedad Española de Procesamiento del Lenguaje Natural (SEPLN), Huelva, 5-7 septiembre
  • J. Mata; M. Crespo; M.J. Maña (2011) Estudio del uso de Ontologías para la Expansión de Consultas en Recuperación de Imágenes en el Dominio Biomédico. XXVII Congreso de la Sociedad Española de Procesamiento del Lenguaje Natural (SEPLN), Huelva, 5-7 septiembre
  • S. García; M. de la Villa; M.J. Maña (2011) BioViewMed, una herramienta visual de ayuda a la expansión de la cadena de búsqueda usando ontologías. XXVII Congreso de la Sociedad Española de Procesamiento del Lenguaje Natural, Huelva, 5-7 septiembre
  • J. Mata.; R. Santano; D. Blanco; M. Lucero; M.J. Maña (2011) A Machine Learning Approach to Extract Drug – Drug Interactions in an Unbalanced Dataset. SEPLN Workshop on DDIExtraction2011: First Challenge Task Drug-Drug Interaction Extraction, Huelva, 7 septiembre
  • J. Mata; M. Crespo; M.J. Maña (2011) Using MeSH to Expand Queries in Medical Image Retrieval. MCBR-CDS: MICCAI Workshop on Medical Content-based Retrieval for Clinical Decision Support, Toronto (Canadá), 22 septiembre
  • J. Mata; M. Crespo; M.J. Maña (2011) LABERINTO at ImageCLEF 2011 Medical Image Retrieval Task. Conference on Multilingual and Multimodal Information Access Evaluation – Image CLEF Medical Retrieval, Ámsterdam (Holanda), 20-23 septiembre 2011
  • J.M. Córdoba; M.J. Maña; N.P. Cruz; J. Mata; F. Aparicio; M. Buenaga; D. Glez-Peña; F. Fdez-Riverola (2011) Medical-Miner at TREC 2011 Medical Records Track. Text REtrieval Conference – TREC Medical Records Track, Gaithersburg, Md. (EE.UU.), 15-18 noviembre 2011
• 2010
  • M. Reboiro-Jato; D. Glez-Peña; J.F. Gálvez; R. Laza; F. Díaz; F. Fdez-Riverola (2010) A comparative study of microarray data classification methods based on ensemble biological relevant gene sets. 4th International Workshop on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics: IWPACBB 2010. Guimarães, Portugal. 16 – junio
  • M. de Buenaga; F. Fdez-Riverola; M. Maña; E. Puertas; D. Glez-Peña; J. Mata (2010) Medical-Miner: Integración de conocimiento textual explícito en técnicas de minería de datos para la creación de herramientas traslacionales en medicina. XXVI Congreso de la SEPLN (Sociedad Española para el Procesamiento del Lenguaje Natural). 7-10 – Septiembre
  • Juan Luis Domínguez y Jacinto Mata (2010). Generación Determinista de Reglas de Asociación Numéricas. TAMIDA 2010 (V Simposio de Teoría y Aplicaciones de Minería de Datos), CEDI 2010 (Congreso Español de Informática). Valencia (Sept. 2010).
  • Victoria Pachón Álvarez, José Antonio Santos, Jacinto Mata Vázquez (2010). Estudio del preprocesado de una base de datos industrial. Un caso práctico. TAMIDA 2010 (V Simposio de Teoría y Aplicaciones de Minería de Datos), CEDI 2010 (Congreso Español de Informática). Valencia (Sept. 2010).
  • Millán M., Muñoz A., de la Villa M., Maña M (2010). A Biomedical Information Retrieval System based on Clustering for Mobile Devices. Workshop on Language Technology applied to Biomedical and Health Documents (BioSEPLN 2010). Valencia (Sept. 2010).
  • Jacinto Mata Vázquez, Mariano Crespo Azcárate, Manuel Maña López (2010). Un método eficaz de indexación para la recuperación de imágenes en archivos en formato pdf. SEPLN 2010 (XXVI Congreso de la Sociedad Española para el Procesamiento del Lenguaje Natural). Valencia (Sept. 2010).
  • Noa P. Cruz, Manuel J. Maña, Jacinto Mata (2010) Aprendizaje Automático versus Expresiones Regulares en la Detección de la Negación y la Especulación en Biomedicina. SEPLN 2010 (XXVI Congreso de la Sociedad Española para el Procesamiento del Lenguaje Natural). Valencia (Sept. 2010).
  • Gachet, D., Buenaga, M,. Alanbari, M., Padrón, V (2010) Helping Elderly People and Persons with Disability to Access the Information Society. International Symposium on Ambient Intelligence (ISAMI 2010). Guimareaes, Portugal (Junio, 2010).
  • Buenaga, M., M. Maña and J. M. Gómez (2010) Using and evaluating user directed summaries to improve information access. Research and Advanced Technology for Digital Libraries, Lecture Notes in Computer Science: 852.
  • Gachet. D., Buenaga, M., Villalba, M.,Lara, P (2010). An Open and Adaptable Platform for the elderly people and persons with disability to access the Information Society. The Naviga Project. Pervasense 2010 Workshop: Situation Recognition and Medical Data Analysis in Pervasive Health Environments – 4th International Conference on Pervasive Computing Technologies for Healthcare (PervasiveHealth 2010). Munich, Alemania (Marzo, 2010).
  • D. Gachet, M. de Buenaga, J. J. Escribano, M. Rubio (2010) Helping elderly people and persons with disability to access the Information Society: the Naviga Project. The European Ambient Assisted Living Innovation Alliance (AALIANCE) Conference 2010, Poster Sesion. Málaga, España (Marzo, 2010)

PhD Thesis

• José Antonio Castellanos Garzón (2013) Evolutionary Framework for DNA Microarray Cluster Analysis. University of Valladolid.
• Miguel Reboiro Jato (2011) Model for the combination of classifiers and integration of knowledge applied to genomic data. Informatics Department. University of Vigo.
• M. Cruz Gaya López (2011) Síntesis distribuida de teorías. Universidad Europea de Madrid.
• Miguel A. Vélez Vélez (2011). Metodología para mantener la interpretabilidad en el modelado utilizando sistemas borrosos. Universidad de Huelva.
• Victoria Pachón Álvarez (2012).  Una Propuesta Evolutiva para el Descubrimiento de Reglas Cuantitativas y Subgrupos. Universidad de Huelva.